ウインドブロウでは一度ラスボスを倒してクリアするとカスタム難易度のロックが解除される
バイオーム探検に使う大砲の左横に看板が設置され、そこから難易度変更が行えるようになる
しかし開発中なだけあってバランスは安定していない
v0.???（おそらく1.0前のbeta）では難易度4や5の高難度がやや調整不足で難しい
記憶のデッキの最低数が増えたこと=ビルド構築の不安定化や、結晶化閾値が15%から10%になってしまった=敵の体力増加が影響している
難易度の一覧
難易度は全部で5段階あり、クリアした難易度の1つ上のものが解禁されていく
難易度2（曇り）以降は難易度に応じて新たな敵が多数登場するようになる
詳しくは特殊な敵やエリートの特性の記事を参照
さらに難易度が高いほど画面奥のボルテックスの色が赤く変わり激しく雨も降る
| 画像 | 難易度 | 説明 | 詳細 |
|---|---|---|---|
 | 晴天 | 基本の難易度 | |
 | 曇り | 敵の体力： +30% 敵のダメージ： +15% 獲得した歯車： +25% ボスメモナイト：+50% 変異体の出現率：+10% 温泉はバイオーム2回ごとに 1つだけ登場する | 回復リソースが減ったことでより慎重な立ち回りが求められる 難易度1では登場しなかった新たな敵が多数登場するようになる エリートの特性にオルターバリアが追加される |
 | 強風 | 敵の体力： +60% 敵のダメージ： +30% 獲得した歯車： +50% ボスメモナイト：+100% 変異体の出現率：+20% エリートの特徴が強化される 尽きかけの温泉はバイオーム2回ごとに 1つだけ登場する | やや難易度は高いがあまり特筆するようなことはなく、 ここまではクリアしやすいようになっている 回復アイテムはフランスパン |
 | 暴風雨 | 敵の体力： +100% 敵のダメージ： +50% 獲得した歯車： +75% ボスメモナイト：+150% エリートの特徴が強化される 変異体の出現率：+30% 温泉はない | ついに温泉が無くなる |
 | 大変動 | 敵の体力： +200% 敵のダメージ： +100% 獲得した歯車： +100% ボスメモナイト：+200% エリートの特徴がさらに強化される 変異体の出現率：+40% 温泉はない | 序盤の雑魚敵まで強いものに置き換わる エリートも特殊効果の範囲とダメージが上がるので危険度が増す |
アップデート履歴
- v0.9beta
難易度による敵が9体追加された
微調整された
経験値という謎のパラメータがあるが現時点では不明→beta終了後削除された
「獲得経験値： +25%」などの表記だった
・曇り：敵の体力：+40% （以前は+25%）｜コグ：+25% （以前は+15%）、経験値+25%
・強風：敵の体力：+80% （以前は+75%）｜コグ：+50% （以前は+30%）｜アイテムボーナスレベル削除、経験値+50%、エリートの特徴が強化される
・暴風雨：敵の体力：+120% （以前は+100%）｜コグ：+75% （以前は+50%）｜アイテムボーナスレベル削除、経験値+75%
・大変動：敵の体力：+250% （以前は+200%） ｜アイテムボーナスレベル削除、経験値+100% - v0.10
難易度による特殊な敵が5体追加された
メモナイトの変更に伴い難易度報酬も追加された
・曇り：ボスメモナイト：+50%、変異体の出現率：+10%
・強風：ボスメモナイト：+100%、変異体の出現率：+20%
・暴風雨：ボスメモナイト：+150%、変異体の出現率：+30%
・大変動：ボスメモナイト：+200%、変異体の出現率：+40% - v0.???（おそらく1.0前のbeta）
微調整された
難易度が高いほど画面奥のボルテックスの色が赤く変わり激しく雨も降る
・曇り：敵の体力： +40%→30%、敵のダメージ： +25%→15%
・強風：敵の体力： +80%→60%、敵のダメージ： +50%→30%
尽きかけの温泉の回復アイテムがフランスパンになった
・暴風雨：敵の体力： +120%→100%、敵のダメージ： +75%→50%
・大変動：敵の体力： +250%→200%、敵のダメージ： +150%→100%