バイオーム1と3に現れるボスは通常のエリアを少し改変した狭い場所で戦う（かつてミニボスと呼ばれていた）
バイオーム2と4に現れるボスはボス専用に作られた広いエリアで戦うことになり、比較的強め
ボスの一覧
各種動作などについては大きなネタバレになるので個別ページを参照
ボスのメモナイトは高難度ほど複数ドロップする（最大3個）
バイオーム1のボス
| 画像 | 名前 | 説明 | 出現バイオーム | ドロップ |
|---|---|---|---|---|
 | トライボマー | 基本的なボス | ゴーレムの庭園 | トライボマーの目 撃破1回目：巨大剣 撃破2回目：爆発攻撃 撃破3回目：ボス殺し |
 | 感染したトライボマー | キノコの沼のボス | キノコの沼 | 感染したトライボマーの足 撃破1回目：テレポートスピア 撃破2回目：ノロイのヨロイ |
 | トライバンガー | 難易度2（曇り）の最初の難関 | ゴーレムの庭園 （難易度2以降） | トライボマーの目 BRRR-T4L |
バイオーム2のボス
| 画像 | 名前 | 説明 | 出現バイオーム | ドロップ |
|---|---|---|---|---|
 | ヘッドバンガー | 最初の難関 | 工場 | ヘッドバンガーのヴェントリコア 撃破1回目：バンカーパルサー 撃破1回目：フミダイ 撃破2回目：充填可能な瓶 逃げる頭を倒す：ダブル・オルターアタック |
 | 壊れたバンガー | 失われた多島海のボス 失われた多島海に行くには、 ローディのクエストを行う必要がある | 失われた多島海 | 壊れたバンガーのランタン 撃破1回目：幽冥の連撃刃 撃破2回目：スモークマシン |
バイオーム3のボス
| 画像 | 名前 | 説明 | 出現バイオーム | ドロップ |
|---|---|---|---|---|
 | ヘッド | 逃げて下に落ちていったヘッドバンガーの頭 | ネズミの村 | 逃亡者のコア ガブガブウオ |
 | パイレート・キャプテン | 逃げるヘッドバンガーの頭も倒していると 出てくるボス | ネズミの村 | 海賊船長 砲丸投げ弾 |
 | メモリーパー | 聖域のボス 聖域に行くにはカルロスのクエスト / 聖域の消化が必須 | 聖域 | メモリーパーの祭壇 撃破1回目：マモリクラゲ 撃破2回目：時の足止め |
バイオーム4のボス
| 画像 | 名前 | 説明 | 出現バイオーム | ドロップ |
|---|---|---|---|---|
 | ヘソナシ・ブラザー放火魔 | ラスボス 赤・青・緑が居て1体ずつ戦える 最後に戦ったボスによって違うメモナイトがドロップする | 産卵場 | 赤を最後に倒す：友愛の炎 |
 | ヘソナシ・ブラザー暗殺者 | ラスボス 赤・青・緑が居て1体ずつ戦える 最後に戦ったボスによって違うメモナイトがドロップする | 産卵場 | 緑を最後に倒す：友愛の電光 |
 | ヘソナシ・ブラザー戦士 | ラスボス 赤・青・緑が居て1体ずつ戦える 最後に戦ったボスによって違うメモナイトがドロップする | 産卵場 | 青を最後に倒す：友愛の石 |
アップデート履歴
- v0.4
バイオーム1と3のミニボスがボスと同様の表記と扱いになり、体力ゲージが大きく表示されるようになった（混乱を避けるため）
禁忌の拡大などでは以前ミニボスとボスとで効果が違っていた - v0.7
バイオーム1と3のボスに戦闘前ムービーが追加された
（トライボマー、感染したトライボマー、ヘッド、パイレート・プロテクター、メモリーパー）
新ボスの壊れたバンガーが追加された - v0.10
モンスター図鑑が実装された他、ドロップがボス固有のメモナイトに変更された